全飞秒激光在手术开始之前2-5分钟，需要在患者眼睛里点麻药来进行眼部的麻醉，让患者的眼睛暂时没有感觉。手术开始之前还要对患者的重要信息进行核对，如姓名、年龄、出生年月日、屈光度，屈光度也可以理解为配戴眼镜的度数，在核对无误之后，手术才能正式开始。
确认摆正头位，嘱咐患者注视上方绿色的注视光，手术者借助手术显微镜和操纵杆来进行准确的对位，正确对位后即开始飞秒激光扫描，时间大约是25秒。在该过程中，患者会感觉到视物没有原来清晰，是因为飞秒激光聚焦在角膜特定的深度后，在角膜基质层产生连续的气泡，影响了患者看东西的清晰度。医生在手术显微镜下确认切口和透镜完成后，用合适的手术器械把气泡相互融合形成的分离界面制作光学透镜取出来。透镜取出后，要确定基质透镜的完整性，再用生理盐水进行适当的冲洗、拭干，并仔细对合角膜切口，此时手术就完成了，时间在10-15分钟之间。
