神经官能症的临床症状比较复杂，病情严重时所带来的临床表现不完全相同，症状包括神经衰弱、抑郁、焦虑、躯体化障碍等。如果长期未进行治疗，病情进一步加重患者会出现严重失眠，比如长期神经官能症导致睡眠障碍，长期严重失眠导致记忆力明显下降，学习能力、记忆能力，包括近记忆力、远记忆力等明显下降。此外，患者会出现比较明显抑郁或者焦虑，总担心自己有较多其它疾病等，影响情绪。
患者存在躯体化障碍时，会出现明显身体某部位不适，做相关检查后无法找到原因，比如患者在心血管方面会出现经常心慌、心悸、心前区疼痛。如果病情进一步严重，会影响患者的日常生活，无法进行剧烈活动，稍微劳累则出现明显心慌、不舒服。患者消化系统可能会出现腹泻、腹胀、消化不良等，患者生殖系统可能会出现月经不调、痛经，男性会出现阳痿、早泄等，各个系统均有不同的临床表现，症状会逐步加重。
