手术过程要先对患者进行麻醉，麻醉成功后会在腹部打几个小眼，通过小眼把手术器械放到腹腔中，小心剥离卵巢上的畸胎瘤，将畸胎瘤完整剥除干净。如果有出血处要进行缝合，避免出血，再把剥离干净的畸胎瘤装入袋内，将畸胎瘤通过袋子完成取出，需送病理检查，明确良恶性，手术时间大概为0.5-1小时。

卵巢畸胎瘤手术是中小型手术，因为卵巢畸胎瘤多数为良性，而且体积并不大，可以通过B超、体格检查发现。多数情况下建议患者进行腹腔镜微创手术，微创手术可以避免损伤过大，特别是手术以后造成肠粘连的比例会明显比开腹手术小。