睡眠呼吸暂停综合征的并发症有高血压、高血糖、高血脂，即通常所说的三高。中老年患者容易并发冠心病、心律失常、心肌梗死、脑中风、脑出血等全身性疾病。儿童患者未得到及时的诊治，可能出现生长发育迟缓，体格发育明显比不上同龄儿童，智力发育受到损害。

睡眠呼吸暂停这类疾病是容易受到忽视的一类睡眠中的隐形杀手，其危害往往长期而隐蔽，怀疑有此类疾病的患者建议尽早的及时检查和治疗。