两颗肾脏如果都有囊肿，要明确是多发性肾囊肿，还是多囊肾。多发性肾囊肿指的是两个肾脏长有多个单纯性肾囊肿，而多囊肾其实是一种遗传性疾病，指的是肾脏内部充满大量囊性结构，具体治疗常见如下：

1、多囊肾：较难进行有效的外科手术治疗，主要还是临床随诊，在有症状的情况下，可考虑做B超引导下囊肿的穿刺引流；

2、多发性的肾囊肿：主要是看体积大小、肾脏功能、临床表现，如果患者没有任何的临床表现，就要判断其体积大小。如果体积大小不超过3-4cm，没有必要进行积极的外科治疗，只需要进行临床随诊。如果体积确实有增长的趋势，可以考虑做简单的腹腔镜肾囊肿去顶减压手术。如果肾囊肿已经有囊肿，长到3-4cm的体积水平，可以考虑进行积极的外科治疗，做腹腔镜的微创手术，来解除大囊肿的压迫，避免囊肿体积进一步增大，继而对肾脏实质造成不可逆转的萎缩性病理影响，从而尽最大限度地去保留和保护肾脏功能。