右侧附件区囊肿是否影响怀孕，要根据患者囊肿的性质决定。附件区囊肿有生理性和病理性两种，生理性常见，多数是卵巢滤泡性囊肿和黄体囊肿。这种囊肿直径通常小于5cm，在月经的第3-5天复查B超时，或者口服避孕药2个月以后再复查B超，可以自行消失。因此，生理性囊肿不影响怀孕。

如果囊肿持续存在、逐渐增大，是病理性的卵巢病变，比如炎症、子宫内膜异位症、良性卵巢肿瘤以及恶性卵巢肿瘤等。炎症导致的积液，通常见于曾患有盆腔炎的患者。患者经过抗炎治疗以后，积液会逐渐消失，包块也会变小。患者经过抗炎治疗恢复后，可以考虑在妇科医生指导下进行备孕。如子宫内膜异位症形成的囊肿，有时会影响盆腔内环境，影响怀孕几率，要根据具体情况进行具体分析。