鳃裂瘘管需要手术治疗，将瘘管整个切除，手术难度根据瘘管长度决定。通常瘘管越短手术难度越小，手术后出现复发的风险更小。临床70%-80%的患儿的瘘管只有2-3cm的长度，术后复发的风险较小。

如果是完全型先天性鳃裂瘘管，根部紧贴动脉，手术风险相对较大。另外，因为瘘管过长，开始手术时在瘘口位置。但颈动脉位置较高，不可能从原先的鳃裂瘘口进行手术。因此，1个小切口不够，可能还会在颈动脉附近还要再做切口，这是术后有2个切口的原因。