核磁共振即MRI，核磁共振可以观察新生儿脑组织发育和成熟情况，主要用于检查中枢神经系统疾病，如新生儿缺血缺氧脑病，分为早产儿缺血缺氧性脑病和足月儿缺血缺氧性脑病。

头皮血肿、颅内出血，包括硬膜外出血、硬膜下出血、蛛网膜下腔出血、脑室内出血、脑实质出血、脑白质损伤、脑梗死、颅内感染性疾病，像细菌性脑膜炎、脑积水、颅内肿瘤、颅脑先天性畸形及发育异常，都可以进行核磁共振检查。

另外，还可以检查头颈部疾病，如早产儿视网膜病、视网膜母细胞瘤；消化系统疾病包括先天性直肠肛门畸形；泌尿生殖系统和腹膜后间隙疾病，如新生儿肾上腺出血；骨骼与肌肉系统疾病，如髋关节发育不良。