慢性扁桃体炎很难自愈。慢性扁桃体炎是因为急性扁桃体炎反复发作而形成，一旦形成，扁桃体本身就会成为病灶，许多细菌和炎症物质会长期潜伏在扁桃体结构之中。一旦免疫系统功能下降，比如熬夜、劳累、工作压力增大、进食辛辣刺激食物或是感冒受凉，扁桃体结构中潜伏的细菌和外来病原微生物大量繁殖，释放较多毒性物质，从而引起身体一系列不适症状，比如咽痛、咽干、发热、畏寒、乏力。严重时毒性物质损伤心脏、肾脏和关节，可导致心肌炎、肾炎、关节炎。
另外，平时需要注意保养，避免诱发因素，比如少食辛辣刺激食物；避免过度熬夜、劳累；加强锻炼、增强体质，以减少慢性扁桃体炎急性发作频率。平时要注意三餐后刷牙、漱口，保持口腔清洁也能有效减少慢性扁桃体炎急性发作。慢性扁桃体炎频繁急性发作或导致心肌炎、肾炎、关节炎，需通过手术切除已经形成病灶的扁桃体。
