肛瘘主要在肛门周围，分高位和低位。如果是高位肛瘘，在直肠深间隙、直肠后深间隙和坐骨直肠间隙、骨盆直肠间隙，即肛门周围深部。

如果是低位肛瘘，比较表浅，可能在皮下或在浅括约肌间走行。有的肛瘘比较长，有的肛瘘比较短，短的外口距肛门可能1-2cm，长的肛瘘外口距肛门可达到10cm，甚至20cm。另外，还有直肛瘘和弯曲肛瘘之分，例如肛瘘外口在右侧，但内口在肛门后侧，属于马蹄形肛瘘。肛瘘位置主要以肛门为中心，环绕着肛门，在四周分布。