便秘时可以灌肠排便，但不是首选方法。临床上在不得已情况下才进行灌肠排便。大便在肠道内存的时间较长、较干，呈一粒一粒，这时与肠道之间的摩擦力较大。

灌肠会选用开塞露，对于肠道神经有一定刺激作用，时间长以后会造成直肠对于大便的感觉下降。比如原来直肠有感觉会传到大脑，告知人体要排便。经常使用开塞露，这种感觉会变弱，会变的存较多大便时才有感觉，甚至感觉较弱。因此灌肠不作为便秘治疗的首选。部分患者有神经系统等问题，可以进行灌肠，甚至可以进行直肠冲洗治疗。