怀孕40天时流产一般可以流干净，此时流产方式有以下几种：

1、人工流产：采用负压吸引方式，将吸引器吸头进入宫腔内，再将妊娠物从宫腔内膜吸出，达到终止妊娠目的。在怀孕40天时进行人工流产，由于胎物较小，也有流产不全的可能性，人工流产前需拿着B超单和医生沟通，医生会根据孕囊大小决定采用人工流产或再等待1周进行人工流产，亦或是直接进行药物流产，基本可流产干净；

2、药物流产：通过口服药物如米非司酮片和米索前列醇片，帮助胚胎从子宫壁剥脱，达到终止妊娠目的。药物流产在怀孕49天内均可终止妊娠，但可能有10%的孕妇流不干净，称为药流不全。

少数人出现流产不全时可通过再次清宫的方式补救，让体内胎物完全排出体外，解决妊娠残留。