甲状腺乳头状癌通常是在查体中发现，若医生根据B超中的典型特征考虑甲状腺结节为恶性，则需通过手术将肿块取下后行病理检查，病理诊断是确诊乳头状癌的金标准。若未进行病理诊断则无法明确为乳头状癌，只能根据临床经验以及患者的表现进行判断。

乳头状癌的全身转移较少见且发展较慢，医生可根据病史评估患者罹患甲状腺乳头状癌的可能性，但确诊方法是手术切除后的病理检查。病理存在多种免疫组化指标，医生会进行相关的免疫组化指标检测并确定肿物属于乳头状癌或是滤泡状癌、未分化癌等，进行准确的病理诊断。