甲沟炎通常属于细菌性的伤口炎症，很多人有脚气病，脚气病属于真菌的感染，在甲沟炎患者中会有相当的一部分时合并有真菌感染。在治疗甲沟炎抗感染、抗细菌同时，也要使用抗真菌药物，抗真菌药物以多数以外用的药膏为主，也有少量的口服。对于症状不明显，尽量使用外用药膏，在碘酒消毒完后每天涂抹几次抗真菌药物。

对于严重真菌性感染，可适当口服抗真菌药物，反复严重脚气，以及指甲有变形、畸形，最好做外科指甲祛除。因为甲床是真菌感染重要的生长来源，甲床祛除以后再使用抗真菌药物才能比较好的控制甲沟炎，同时也能更好的控制真菌感染。