生气时腹部疼痛是以植物神经功能支配为主的原因。因为腹部蠕动一般不是外周神经所支配，是植物神经支配。植物神经支配心跳，比如心脏跳得快慢，不受外周主观感觉支配，但受内在因素影响，如情绪波动会导致心脏跳动变快或变慢。胃肠道蠕动快慢也是受情绪调控，情绪在紧张的时候，交感神经在兴奋的时候，胃肠道的蠕动会减慢，副交感神经兴奋的时候，这时候胃肠道会发生蠕动加快，甚至是产生痉挛。生气时以交感神经为主，也会有副交感神经为主，这是植物神经功能紊乱所导致肠道功能变化引起的腹痛。
还有一部分原因就是在生气时，交感神经兴奋引起血管紧张，可以导致相应脏器产生缺血，比如心脏会缺血、大脑缺血，所以生气的时候会产生心前区疼痛，甚至眼前黑蒙等症状。如果在肠道可以导致肠道、肠上皮、腹腔相关血管痉挛，血管痉挛以后可以导致肠道产生缺血，这时也会造成生气所导致腹痛的发生，其中肠系膜上动脉痉挛最容易发生。
