不管是首次发病还是复发精神分裂症患者，抗精神病药物应作为首选治疗措施，健康教育、工娱治疗、心理社会干预等措施应贯穿治疗全过程。目前倡导全病程治疗，对部分药物治疗效果不佳或者存在木僵、违拗、自杀、攻击冲动的患者，急性期治疗期间可以单用药物或联合使用电抽搐治疗。
治疗阶段分为急性期、巩固期与维持期治疗。急性期通常治疗6-12周，巩固期通常治疗4-9个月，维持期至少治疗2-3年。对于多次复发或者有明显残留症状者，应长期治疗。由于抗精神病药物的种类较多，原则上药物治疗应系统而规范，强调早期、足量、足疗程、单一用药、个体化用药原则。治疗药物应从小剂量逐渐增加到有效推荐剂量。药物剂量增加速度应视药物的特性及患者的特质而定。高剂量时应密切评估药物的治疗反应与不良反应，并给予合理的调整，通常应避免突然停药。
