脊髓脊膜膨出属于神经管先天发育障碍，即胚胎发育第18-21周时神经管发生闭合障碍，从而导致整个一排椎管中间出现裂缝，发育闭合不全，脊髓、脊膜通过闭合缺陷区域向椎管外膨出。因此，脊髓脊膜膨出为多因素综合疾病，可能存在周围环境因素以及遗传学说。
虽然目前为止很多学者对脊髓脊膜膨出病因进行非常多的研究，包括动物试验，但对脊髓脊膜膨出人类基因检测的研究相对较少，且研究结果也存在较大争议。现在国家已经大力推广孕妇补充叶酸强化体内叶酸水平，相对可以降低先天性脊膜膨出的发病率。但脊髓脊膜膨出具体原因并不特别清楚，故补充叶酸可能仅阻止其中一个环节，所以临床上还可出现先天性脊膜膨出、脊髓膨出的儿童。
