巧克力囊肿是一种特殊类型的卵巢囊肿，对于生育功能影响较大，有子宫内膜异位症的患者大概40%会出现不孕。因巧克力囊肿有可能会影响卵巢排卵，导致卵巢黄体功能不足，出现卵泡不破裂的情况，还会导致盆腔粘连，从而影响输卵管结构，影响受精卵形成及受精卵转运等情况。巧克力囊肿还可能会影响盆腔内膜、盆腔结构及盆腔内环境，从而导致不孕。

但较小的巧克力囊肿，对盆腔环境影响较小的患者可以自然怀孕。而患有巧克力囊肿无需恐慌，及时就医。对于巧克力囊肿合并不孕的患者，应尽早采取辅助生殖手段，达到妊娠目的。