儿童慢性咳嗽一般分为感染性因素和非感染性因素两种类型，需根据疾病类型分别治疗，具体如下：

1、感染性因素：如细菌、病毒、支原体、衣原体、真菌、结核，根据相应病原体进行治疗，细菌感染要用抗生素治疗，支原体感染要用阿奇霉素这类大环内酯类抗生素进行治疗，真菌感染要进行抗真菌药物治疗，结核感染需要进一步进行结核检查，包括结核细胞学检查。结核感染后需要进行抗结核治疗，疗程也比较长；

2、非感染性因素：如果为过敏因素引起的慢性咳嗽，要解除过敏原同时进行抗过敏治疗；如果是气道畸形引起的慢性咳嗽，比如食管气管瘘导致的慢性咳嗽，必须进行手术治疗；如果是反复呼吸道感染、胃食道反流引起的理化因素导致气管炎症，需要进行胃肠动力治疗，避免进一步反流。