子宫内膜异位症的临床特点是痛经、卵巢囊肿，如果造成宫腔粘连，可能有牵拉等不适症状。如果伴有子宫腺肌症，痛经会更加明显，临床还有CA-125升高。但是子宫内膜异位症一部分患者可能会有不孕症状。由于卵巢内环境差，容易造成宫腔粘连而引起不孕。

另外子宫内膜异位症，如果做手术容易复发。因为子宫内膜异位症主要根源在于内膜异位到其他部位，切除囊肿后内膜会随着月经再次排出，引起疾病复发。同时子宫内膜异位症如果形成子宫内膜异位囊肿，或者盆腔病灶，会有恶变的几率，如子宫内膜样癌，尤其是容易变成透明细胞癌。