肠道间质瘤可以导致患者胃或者小肠产生病变，早期无明显症状，随着肿瘤体积增长可导致患者出现相关临床表现。患者肠道可因间质瘤压迫而出现梗阻，侵及肠黏膜后可在黏膜表面形成溃疡合并出血。

部分胃间质瘤患者可以出现轻微溃疡、出血。若患者肠道间质瘤体积增长至3cm以上，可出现恶变，因此患者应积极进行早期治疗。