真菌性肠炎最常见的是白色念珠菌感染，多见于幼儿或者老年人，通过大便培养可发现白色念珠菌等。
在临床上真菌性肠炎会选择不同药物，首选药物是克霉唑。在治疗之前，医生会给患者交代，治疗周期和其他急性肠炎有差异。现在也可以选用其它抗真菌药物，包括伊曲康唑等。
但是，首先必须要明确诊断为真菌性肠炎，给予足疗程治疗，才能够真正治疗真菌性肠炎。