小儿肌性斜颈的真正病因，是胸锁乳突肌的纤维化引起的挛缩和变短。但引起胸锁乳突肌纤维化的真正原因尚不清楚。目前两种假说，一是宫内学说，二是宫外学说。具体如下：
1、宫内学说：强调可能小儿在宫内胎位不正或脐带绕颈，或小儿受到子宫内的压力不均，使一侧胸锁乳突肌承受过度压力致局部缺血，发生缺血性肌肉痉挛引起斜颈；
2、宫外学说，宫外学指的是在生产过程中，异常的产程造成产伤，致一侧胸锁乳突肌出现损伤，导致肌肉痉挛，造成一侧胸锁乳突肌纤维化。