肝内胆管结石引起腹部疼痛是多种原因所致结果，具体如下：

1、肝内胆管结石可以直接压迫胆管内壁，刺激胆管壁引起痉挛，导致胆管炎性狭窄，胆道压力升高，使患者出现上腹部疼痛不适；

2、胆道炎性狭窄基础上可以造成胆汁引流不畅，加重胆道感染，反复胆道感染又会加重胆管炎性狭窄，导致胆道压力指数升高，患者会出现上腹部持续性疼痛；

3、长期结石刺激、炎症以及胆汁中致癌物质可以导致肝内胆管癌变，使患者出现癌性疼痛。

针对不同原因造成疼痛，可以选择不同的治疗策略。如果患者是炎症造成疼痛，可以选用敏感抗菌药物控制感染，同时通过手术取尽结石，解除狭窄，通畅引流；如果已经出现癌变，则患者应通过手术根治性切除病灶，达到缓解疼痛目的。