先天不孕包括两大类，一类是先天性生殖器官发育畸形，另一类是性发育异常。部分先天性生殖器官发育畸形患者可以通过手术或治疗后怀孕。如有阴道纵隔、阴道横隔而影响性生活的患者，同时子宫纵隔通常会导致反复流产、早产。部分患者在做不孕检查的时候发现子宫纵隔，这类患者可以通过手术纠正。
另外，输卵管先天发育不良的患者可以通过常规试管婴儿方法怀孕。而性发育异常多数和性染色体有关，如Turner综合征患者的染色体表型是(45，XO)，缺少一条X染色体；也可能是(45，XO/46，XX)的嵌合型。在临床上会表现为卵巢不发育或卵巢功能减退，此类患者可以通过供卵试管婴儿或者试管婴儿获得妊娠。
但是，有些发育畸形的患者无法怀孕，如先天性无子宫、幼稚子宫等。
