如果患儿房间隔缺损＜1cm，通常没有明显症状，这样的患者可能长大之后体检，才能发现这些房间隔缺损。如果患儿房间隔缺损较大，则左心房向右心房血液分流量较大，通常表现为易感冒、抵抗力差、免疫力低。部分感冒患者临床上表现为心脏有杂音，还有部分患者因为左心系统血液减少，导致生长发育受到影响，例如吃奶力气不够。

由于婴幼儿没有很好的语言表达能力，主要通过其喂养情况，是否感冒、发烧、肺炎、咳嗽，以及生长发育是否比同龄者迟缓等方面，来提示存在房间隔缺损的可能性，通过心脏彩超检查来进行确诊。