神经内镜治疗脑积水最主要的适应症还是梗阻性脑积水，交通性脑积水不主张用神经内镜手术做治疗。神经内镜治疗梗阻性脑积水是把梗阻的区域打通，但是更多的情况是需要通过神经内镜人为的重新建造通路，通路在第三脑室底部，称为内镜下的第三脑室造瘘术，让整个脑室系统形成循环，用以治疗脑积水，是多见的梗阻性脑积水。
还有一部分脑积水是因感染或者做过手术之后创面比较大，甚至局部有脑软化，形成多囊性结构，结构之间不相通，导致颅内出现多囊性结构造成脑积水。这种脑积水有可能就是梗阻和交通掺杂在一起，内镜手术就是将原本不相通的多囊结构打通，变成统一的囊，而且一定要与正常人的生理脑脊液循环，就是正常脑室系统进行很好的沟通，沟通之后在大的系统里面再放一个管子做腹腔分流手术。内镜脑积水的治疗就是做完内镜之后同时把管子放好再做分流，就是传统的脑室、腹腔分流手术。
