阿莫西林对感染引起的口腔溃疡有用，比如膜性口炎、细菌性口炎。表现为口腔溃疡和糜烂的疾病，部分由感染引起，抗生素对此类疾病有效，但抗生素需在医生指导下使用，且只有对于阿莫西林敏感细菌引起的感染，才能选用阿莫西林治疗。一般常见的复发性口腔溃疡和创伤性溃疡，其病因不是感染，所以这种溃疡不应该选择阿莫西林。
创伤性溃疡一般由创伤因素引起，治疗主要是去除创伤因素，比如处理残根残冠，去除刺激因素后，即使不用药，溃疡也能在短时间内愈合。也可选用促溃疡愈合的药物，比如重组人表皮生长因子凝胶、康复新液或外用溃疡散，不能随便选用抗生素治疗口腔溃疡，且患者不能擅自服用抗生素。
