由于核磁共振成像是利用人体软组织中的氢质子，在强磁场中产生共振现象来达到目的。氢质子是指水分子中的氢质子，人体软组织中存在大量的水分子，所以磁共振检查对人体软组织的病变检测有其独到优势。而人体骨内中所含水分子大大少于软组织所含水分子，因此，骨内影像不能清楚显示出来。这一方面是磁共振的局限性，其不适合骨内组织的检查。但另一方面又是优势所在，不会受到骨内影像的干扰，使脑组织的影像得以清晰的显示出来。
颅内平扫可涉及的病变十分广泛，如颅内出血、梗塞、炎症、结核、中毒性脑病、寄生虫类疾病、颅内肿瘤、脱髓鞘病变、血管性病变等各种疾病都可检测出相应的MRI征象。但与其它任何检查手段一样，MRI也不是万能的。有的病变因有其特征性表现，可直接平扫就做出明确诊断，有些病变必须结合其它检查，综合分析才能做出诊断，有些疾病甚至无法做出明确诊断。