胆管细胞癌晚期患者治疗以基本的化疗为主，会有一定的疗效，但整体有效率不是很高，因为胆管肿瘤是乏血供肿瘤，药物难以到达癌灶，使癌灶处于一个比较高的药物血液学浓度。但也有一些循证医学的证据表明，术后患者进行辅助化疗，比单纯进行手术切除疗效更好。对于有淋巴结转移或血管侵犯的患者，建议尽量进行术后辅助化疗。
晚期的胆管细胞癌目前化疗是以吉西他滨、氟尿嘧啶和铂类联合治疗为基础，治疗目标主要是延长生存，提高患者的生活质量。随着医学的进步，现在靶向药物及免疫治疗药物对于胆管细胞癌的患者也有比较好的疗效，通常在临床上可以考虑使用化疗和免疫联合，或化疗和靶向、靶向和免疫联合的不同组合方式，对胆管细胞癌的患者进行治疗。
