隐球菌脑膜炎的药物治疗首选两性霉素B加氟胞嘧啶进行诱导治疗，约为6-8周，然后使用氟康唑，进行巩固和维持治疗大概6-12个月。除抗真菌的药物治疗，还应根据患者的临床表现，如有无颅高压、脑积水等，并给予相应治疗，如脱水、降颅压，用甘露醇、中药、白蛋白脱水降颅压。

如果疗效不好，可辅以腰椎穿刺、腰池引流，必要的时候甚至要做鞘内给药。对于部分已经出现脑积水，甚至出现脑疝的患者，可能要考虑做V-P分流，帮助缓解和控制症状，避免后遗症发生。