男孩尿道下裂的症状通常为尿道开口位置异常，尿道开口不在正常的龟头正中央，开口位置可能偏后。少数病例中，尿道会开口于会阴部。在临床上存在孩子尿道口在会阴部位的病例，属于重度尿道下裂的表现。

此外，孩子可能存在阴茎体下弯，即在勃起的情况下，阴茎如香蕉样呈弧形，无法达到正常排尿水平。孩子出现尿道下裂可能与激素水平偏低有关，多数病例中阴茎体发育较差且阴茎短小。