衣原体感染常因肺炎衣原体以及沙眼衣原体所引起。肺炎衣原体是引起肺炎和支气管炎的常见病原体，一旦出现肺炎衣原体感染，头孢类的抗生素治疗效果不佳，需要用氧氟沙星或者阿奇霉素、红霉素等抗生素治疗。肺炎衣原体临床特点是发烧、咳嗽，而且症状持续的时间比较长，通常可以出现一周到一个月左右的反复咳嗽，甚至咳血，还可以伴有头痛、肌肉关节痛、高热等症状。
沙眼衣原体感染最常见的症状是可以引起沙眼、流泪、眼睛充血、视物模糊，并且沙眼衣原体可以引起性传播疾病，在非淋球菌感染的性传播疾病中，多数是由于沙眼衣原体感染。女性可能会引起阴道炎、宫颈炎，出现反复的阴道异常分泌物，阴道瘙痒和疼痛、烧灼感。男性的沙眼衣原体感染可以引起尿道炎和睾丸炎，伴有尿道烧灼感、瘙痒，排尿的时候有剧烈疼痛，还会有尿道分泌物。
