目前肾囊肿手术都是采取微创的方法，即在腹腔镜下行肾囊肿去顶术。肾囊肿是良性疾病，大部分单纯性肾囊肿均属于良性病变，只有个别肾囊肿可能有恶性风险性存在。对于良性肾囊肿，治疗方法是通过腹腔镜做囊肿去顶手术，将突出在肾表面的囊壁进行切除，使囊肿失去完整性，分泌的囊液不会使囊肿继续增大，而压迫正常的肾脏实质及肾脏周围重要的组织器官。
囊肿去顶手术后，若肾脏内部囊壁依然存在，术后进行B超检查，可能会看到残余的囊壁中有脂肪组织填充，可能被误认为是囊肿残余。所以通常囊肿手术后复查，可以采取增强CT的方式，可较明确的了解手术后局部情况。
