扁平疣中医治疗方法以中医药为主，还可辅助治疗。中药治疗多以用马齿苋煮水外敷，还可用马齿苋合剂加木贼草、夏枯草、牡蛎，煎水早晚各一次。毒瘀互结型属于扁平疣的后期，治疗以活血化瘀为主，用桃红四物汤加黄芪、三棱、莪术、浙贝等外用治疗，也可内服药煎汤剂，第三煎外洗，每日一剂，还可以用鸦胆子腐蚀。

也可用火针治疗，刺激疣体使疣体脱落，患扁平疣以后注意不要抓挠、挤压，多吃祛湿之品，生薏仁、芡实、赤小豆煮水喝，每天喝一次，或薏米仁煮粥喝，多锻炼身体提高机体免疫功能。