细菌感染引起发热常见于扁桃体化脓、口腔炎、细菌性鼻窦炎、鼻炎，按照不同部位，扁桃体化脓是细菌感染，病程1周以上才可痊愈，诊断明确之后可选择有效抗菌药物规则治疗，坚持7-10天，直到体温正常、扁桃体脓肿消失、扁桃体充血减轻，甚至萎缩，临床症状消失。在辅助检查时要化验血常规，细菌感染后血象比较高，白细胞计数、中性分类比例、C反应蛋白等指标都高。所以，在治疗之后要再评估指标是否正常，再停药比较安全。
但如果其它部位感染或者其它组织感染，疗程不同，比如化脓性脑膜炎治疗疗程相对比较长，甚至会达到一个月以上，因为最后要达到脑脊液培养细菌阴性才可。如果是消化系统感染肠炎或者细菌性痢疾，治愈标准是大便培养3次阴性才可停药，根据不同系统、组织感染，疗程会有所不同。
