二硫化硒可以治疗毛囊炎，但是在临床上不作为首选药物。因为二硫化硒是抗真菌药物，主要作用是去油、抑制皮脂、杀真菌，同时有去头皮屑的作用。因此头皮毛囊炎、花斑癣、头皮屑多、出油多也可以用，但是最好选择其他抗炎症作用比较强的药物。

治疗毛囊炎临床上常用含有洁霉素、氯霉素、氯洁霉素的药物洗剂，也可以用酮康唑洗剂，酮康唑除有抗真菌的作用，也有抗细菌的作用。