直肠癌保肛以后因有吻合口存在，会有一些相应后遗症，如早期吻合口瘘，吻合口出血、狭窄。吻合口附近因肠管切除后，病人排便、排尿功能均受影响。

手术操作也使周围支配排便、排尿功能的神经创伤，甚至出现性功能问题，最多见为病人短期内出现大便次数增多，里急后重症状严重，一般低位保肛病人出现得较多，患者反映比较强烈。需要在3-6个月以内通过功能锻炼、理疗方式逐渐改善，经过功能锻炼、理疗以后，整个状况会有所改变。