大三阳患者肝区疼痛原因如下：

1、胆道疾病：如胆囊炎或胆结石，80%慢性肝病患者都合并胆道疾病。胆囊炎疼痛位置多固定、局限，呈钝痛或绞痛发作，采用腹部超声可以确诊；

2、胃炎：慢性肝病患者常合并胃炎占总比例70%左右，有时可以反映到肝区不适。除疼痛感觉外，会伴有饱胀不适和嗳气感；

3、肋软骨炎：游走性肋缘疼痛，局部存在明显压痛、咳嗽，深呼吸时疼痛加剧；

4、腹直肌右上段劳损：表现为表面压痛，弯腰时更为明显；

5、右侧膈胸膜病变：临床较为少见；

6、肝细胞肝癌：较为少见，早期肝细胞肝癌由于位于肝脏内，不会存在肝区疼痛，中晚期肝癌由于体积较大，触及肝脏被膜出现疼痛。