胃肠道间质瘤靶向药物的副作用因人而异，有些副作用可以控制，但严重的副作用或不良反应可能使患者不耐受，可能导致治疗中断，甚至危及生命。恶心、呕吐通常是最为常见的副作用，有研究显示，伊马替尼治疗胃肠道间质瘤期间，患者恶心的发生率达到了52.4%，呕吐的发生率达到12.9%，服用二线或者三线的药物舒尼替尼、瑞戈非尼，同样可能会有恶心、呕吐的症状。

如果是一个1-2级的恶心、呕吐，即相对比较轻的恶心、呕吐，通常副作用不大，患者可能会有食欲降低、饭量减少、体重下降不明显等症状，但不必特别担心，注意调整饮食结构，吃清淡、易消化的食物，避免进食甜和油腻的食物。当患者出现3-4级的恶心、呕吐，此时副作用相对比较大，患者可能会出现进食量的明显减小，体重下降超过20%，患者应在医生指导下对靶向药物进行减量或者是停药，不良反应减轻后再恢复靶向药物的治疗。

另一个常见的副作用是腹泻，在服用伊马替尼、舒尼替尼或者瑞戈非尼期间，都可能伴随腹泻的发生。如果排便次数比之前增加了7次以上，就表示出现了2-4级的腹泻，此时副作用相对比较大，应该立即停药，并且遵照医嘱调节肠道菌群，进行止泻的治疗，同时避免进食生冷、辛辣刺激和过于油腻的食物。靶向药物的不良反应还包括皮疹、乏力、手足综合征等，结合具体情况，由医生面诊以后再确定处理的方法。