牙体牙髓疾病的分类是牙体疾病、牙髓疾病以及根尖周疾病三类。牙齿分为暴露在口腔中的牙冠部分，以及包绕在牙槽骨中的牙根部分。

牙冠部分分三层，最外层是牙釉质，中间是牙本质，最里面是牙神经；牙根也分三层，最外层是牙骨质，中间是牙本质，最里面是牙神经。发生在牙釉质、牙本质以及牙骨质中的疾病称为牙体疾病，发生在牙髓部分的疾病称为牙髓疾病。牙髓疾病进一步进展，病变组织或者致病物质出根尖孔，会导致根尖周围组织病变，即根尖周的疾病。