自体干细胞移植比较安全，痛苦相当于做超大剂量的化疗，实际也会有比较强的胃肠道反应，病人有恶心、溃疡、腹泻等反应。

之后有骨髓抑制期，比如三系血低，甚至有一些病人合并感染、发烧，但是安全性非常高，国外自体移植可做到75岁，甚至更高的年龄，死亡率不超过5%。国内因为人群更年轻，大多数都在60-65岁，因此安全性更高。