如果是细菌感染引起，必须使用抗菌素控制感染。如果是物理化学因素引起，需要杜绝物理化学因素造成的炎症。临床还是以细菌感染为主常见，所谓根治就是这次治好以后永远不会再发尿道炎。但每次尿道炎都有一个发生、发展和治愈的过程，不保证这个过程在下一次感染的时候不会重复出现，所以不能根治，但这一次的尿道炎可以治愈。
比如在体内酸碱不平衡的情况下，出现碱中毒或酸中毒的时候，可以通过尿里的pH值表现出来。这个酸碱度的变化也可以引起尿道的刺激症状，在某种意义上来也可以是一定程度的尿道炎。此时纠正了酸中毒和碱中毒以后，炎症也就不存在了。但是大部分的尿道炎都是因为细菌活动出现，因此有效的抗菌素治疗是治疗尿道炎的重要因素。