胰腺穿刺是微创手术，但手术风险较高。因为胰腺穿刺多针对存在胰腺肿瘤的患者，肿瘤血运较丰富，在穿刺手术过程中容易造成血管破裂、此外，如果穿透胰管，造成胰瘘，手术风险较高。

此外，与传统开腹手术，切割缝合不同的是该手术是使用超声胃镜进入胰腺肿瘤周边组织，常见为十二指肠壁和胃壁等紧贴着肿瘤的组织，在扇扫超声胃镜引导下，穿刺针经胃壁或十二指肠壁刺入胰腺肿瘤，获取胰腺肿瘤组织，但在获取胰腺组织进行切割的过程中，可能造成胰管断裂或血管断裂，引发大出血或胰瘘，所以尽管手术本身创伤不大，但风险性较高。