通过超声心动图可以检查出很多疾患，大致分为先天性心脏病、心脏瓣膜病、风湿性心脏病、心肌病、心包疾病、肥厚型心肌病、扩张型心肌病、限制性心肌病、心脏肿瘤、血栓、冠状动脉疾病，大血管的疾病比如心包的积液、心肌病、先天性心脏病、各种心脏瓣膜病、急性心肌梗死的并发症，比如室间隔的穿孔、乳头肌的断裂、室壁瘤、假性室壁瘤、高血压并发症、心肌炎的严重程度，心腔内的附壁血栓形成等，具有重要的诊断价值。
对于心脏肿瘤、冠心病、心包疾病、高血压性心脏病、肺心病、人工瓣膜随访、大血管疾患也有辅助诊断的价值。
对确定血栓来源，尤其是对于经胸超声不能获得的满意图像及左心耳内部的血栓，感染性的心肌炎、主动脉的夹层、术中的监测等具有重要作用。
此外，超声心动图在很多疾病的治疗中也提供相应的有效信息，从而帮助治疗。