HPV感染的治疗主要跟个人的免疫功能有关，年轻的、抵抗力强的HPV感染，如果细胞血没有异常可以推荐观察，半年到1年以后复查，机体都有抵抗能力，很多人能够把病毒清除，可能1年以后复查病毒已经转阴了。病毒持续性阳性、1年还是阳性，持续性阳性的致病力比较强，会破坏宫颈的表面组织引起宫颈癌前病变到宫颈癌，要根据情况不同进行相应处理。如果持续HPV阳性尤其是16、18致病性很强的类型又有细胞学异常，要转诊阴道镜，阴道镜下异常做活检确定病变程度是不是需要做手术治疗。

如果单纯是HPV持续阳性，而细胞学、阴道镜都正常，给时间观察随访仍然不能转阴可以考虑医学干预，比较常见的就是药物治疗。可以用中药类，清理宫颈病毒感染炎症相关的也可以用抗病毒栓剂，像干扰素栓等。同时也可以采用物理治疗，根据情况用激光、微波达到清除病毒的目的，也会让病人增强自身抵抗力能够更好的清除病毒。