通常不建议长期服用奥美拉唑。奥美拉唑是抑酸药物，属于质子泵抑制剂的范畴。在治疗酸相关疾病时，奥美拉唑的治疗通常都是短程。例如治疗消化性溃疡，可能是6-8周，胃食管反流病的初始治疗，通常建议是8周的疗程。根除幽门螺旋杆菌，有时可能也会用到奥美拉唑这类抑酸药物，通常是四联药物联合应用。
部分特殊的人群，可能需要长期服用抑酸药物。例如合并食管裂孔疝的胃食管反流患者，以及较为严重的胃食管反流患者。可能在8周的初始治疗以后，患者症状有所缓解，但是由于解剖结构的异常存在，一旦停药以后，症状可能反复。所以这类患者，在之后维持治疗上，可能选择按需服药或者保持最小有效剂量，进行长期的维持治疗。但是通常奥美拉唑这类抑酸药物，不建议长期服用。
