肛周脓肿与肛瘘临床上属于同一疾病的两个不同时期，通常早期形成脓肿，后期若不进行治疗会形成肛瘘。通常在早期局部脓肿受到感染后，会出现化脓、肿胀，此时患者不适感觉特别明显，有时候会伴随体温增高，出现发热、出汗等感染中毒症状。

但在脓肿自行破溃，或是人为干预将脓液放出后脓肿内张力会解除，病人不适的感觉也会消失。随着脓肿缩小，通常可慢慢形成一条隐性管道，从而变成肛瘘。