泌尿系感染血尿的治疗以抗感染为主，以选择适当有效的足疗程抗生素为主要治疗方式。如果儿童尿路刺激症状比较重，可以用碳酸氢钠碱化尿液，并且鼓励患儿多喝水促进尿液排泄。尽量在用抗生素前接取中段尿进行尿培养，取得的药敏结果指导以后的抗生素选择。

泌尿道感染最主要是用足疗程，也要发现引起泌尿道感染的潜在因素，比如包茎、常见的尿路畸形、后尿道瓣膜以及膀胱、输尿管反流，婴儿发生上尿路感染，反复发生的患儿尤其要注意找出引起泌尿道感染的后面潜在因素。