缺氧时吸氧，如果不按照医生建议，盲目进行无限制吸氧，特别是吸高浓度氧，可能会出现并发症。比较严重的情况下，可能会出现抑制呼吸、氧中毒，以及呼吸困难进一步加重等，特别是氧中毒，甚至可以出现呼吸衰竭。对于以保健为目的的吸氧，流量建议避免＞3L/分，使用时间避免超过1小时。而高浓度氧，比如吸入60%的氧，建议避免超过24小时，否则容易发生氧中毒，或出现缺氧更加严重的情况。
对于缺氧较重，例如需要抢救，甚至可能需要纯氧的患者，需要尽快在血氧改善的情况下，将吸氧浓度降下来，否则如果出现氧中毒，后果会更加严重。另外高浓度的吸氧，有时还可以导致肺泡压力下降，引起肺不张。因此对于部分存在慢性阻塞性肺疾病的患者，均主张持续低流量吸氧。如果给予高浓度吸氧，反而容易抑制化学感受器，以及抑制呼吸中枢，从而容易加重缺氧。
吸氧过程中的注意事项，还包括湿度和温度，建议温度保持在3-7℃，而湿度保持在95%-100%，可以患者气道比较舒服。如果过于干燥，可能会导致痰液不易咳出，而如果湿度不足，或过冷，则容易导致气道痉挛。
